FSXのフライトプランナーで、ルートを作成する時にフライトプランの種類の選択として「VFR」又は「IFR」を選びますが、ここでいうフライトプランの種類とは、飛行方式の事です。

航空機の飛行方式には、パイロット自身の判断で飛行できるVFR(Visual Flight Rules:有視界飛行方式)と、常に航空管制機関の指示に従って飛行するIFR(Instrument Flight Rules:計器飛行方式)があります。
vfr_ifr

VFR (Visual Flight Rules:有視界飛行方式)
有視界飛行方式とは、離陸後にパイロットが目視にて位置を判断し飛行する飛行方式のことです。
パイロットの目視に頼って飛行するため、十分な視界が常に確保されるような気象状態、つまりVMC(Visual Meteorological Condition:有視界気象状態)が原則となっています。
したがってVMCの状態であれば、飛行計画を最寄りの空港事務所に提出するのみで飛行でき、VFR飛行に規定される高度であれば、パイロットの判断で自由な高度を選ぶことが出来ます。
しかし空港及び空港周辺においては、管制機関の指示に従わなければならず、特別管制空域及び管制圏内を航行している間は無線機器で管制機関の指示を聴取し、定められた位置通報を行わなければなりません。
現在では、技術の発展により航空機に搭載されている計器を頼りに航空管制の指示に従い飛行するIFRが主流となった為、定期便はIFRでの飛行が義務付けられてます。また、定められた気象条件(例えば視程、雲との距離など)を満たさない場合では、定期便であるかどうかにかかわらず、すべての種類の航空機(飛行機、回転翼機、滑空機、飛行船)はIFRで飛行しなければならないのです。
IFR (Instrument Flight Rules:計器飛行方式)
計器飛行方式(正確には計器飛行方式による飛行)とは、航空機の計器及び目視の両方を駆使し、常に航空管制官の指示に従って行う飛行及び運航情報官が提供する情報を常時聴取して行う飛行のことです。
VMCより視界が不良となる気象状態、つまりIMC(Instrument Meteorological Condition:計器飛行状態)では、VFRで飛行することはできず、必然的に計器指示によるIFRで飛行することになります。
今日では、たとえ雲一つない晴天下でも、定期便の航空機は全てこの方式で運航されています。
IFRは、クリアランス(clearance:管制承認)を受ける事を必要とし、出発到着の際はもちろん、航路上においても常に安全間隔(高度および水平間隔)などの指示を管制機関から受けます。この他、航空機はIFRに必要な計器を装備するとともに、パイロットも計器飛行証明の資格を持っていなければなりません。